La región Johto es un área bastante grande (pese a ser la región más pequeña de todos los juegos Pokémon de portátil) situada al oeste de Kanto. Johto y Kanto forman una sola gran masa de tierra, un continente, en el cual al centro y dividiendo ambas regiones se encuentra la Meseta Añil, la Liga Pokémon, el Monte Plateado y las Cataratas Tohjo Los nombres de las ciudades son nombres de plantas o relacionadas con plantas.
Geografía:
Kanto y Johto están unidos
Mapa de Johto en el Juego
Ciudades y Pueblos:
Pueblo Primavera
Ciudad Cerezo
Ciudad Malva
Pueblo Azalea
Ciudad Trigal
Ciudad Iris
Ciudad Orquídea
Ciudad Olivo
Pueblo Caoba
Ciudad Endrino
Lugares:
Ruinas Alfa
Torre Bellsprout
Cueva Unión
Pozo Slowpoke
Encinar
Túnel Subterráneo
Parque Nacional
Torre Quemada
Granja Muu-Muu
Faro de Olivo
Lago de la Furia
Torre de Radio (Johto)
Guarida Dragón
Cataratas Tohjo (principalmente en Kanto)
Calle Victoria (principalmente en Kanto)
Meseta Añil (principalmente en Kanto)
Torre Batalla (Johto) (solo en Pokémon Cristal).
Alto Mando:
Primera y Tercera Generación:
Nº
Alto Mando
Tipo
1
Lorelei
2
Bruno
3
Agatha
4
Lance
Cam.
Gary
Varios
Segunda Generación:
Nº
Alto Mando
Tipo
1
Mento
2
Koga
3
Bruno
4
Karen
Cam.
Lance
Diferencias en la segunda generación:
Los jugadores que viajen a Kanto, después de Johto, notarán una serie de cambios en la región. Algunos de ellos son:
La Zona Safari ha sido cerrada por reformas. Su cometido es ahora cumplido por el Parque Nacional, aunque las únicas especies que este ofrece son del tipo bicho.
La Cueva Celeste ha sido bloqueada por un derrumbe.
Isla Canela ha sido destruida por la erupción del volcán, el Gimnasio ahora se encuentra en las Islas Espuma.
Tanto el Bosque Verde como el Monte Moon han cambiado en tamaño.
La Central de Energía ya está siendo utilizada; se encontraba abandonada en la primera y tercera generación.
La Torre Pokémon ahora es la Torre de Radio (Kanto).
Azul ha reemplazado a Giovanni como líder de gimnasio de Ciudad Verde.
Sachiko es ahora la líder de gimnasio de Ciudad Fucsia, debido a que su padre es ahora parte de los Alto Mando.
Rojo se encuentra en unas cuevas entre la Liga Pokemon y Johto, para acceder a ellas se debe ganar al Alto Mando junto a todas las medallas y pasar por un tramo de la calle victoria hasta el momento cerrado.